Malmedy gaat terug op de later heilig verklaarde monnik uit Aquitanië en later rondtrekkende bisschop en missionaris Remaclus, die hier in het midden van de 7de eeuw onder de Frankische koning Sigibert III. een Benediktijnerabdij stichtte. Sedert de 10de eeuw vormde zich samen met de, eveneens door de Merovinger Sigibald gestichte abdij Stablo, het vorstendom Stavelot-Malmedy.Dit bestond tot de aanhechting door de Franse revolutionaire troepen in 1795, toen het aan het Departement de l'Ourthe werd toegewezen. Zodoende behoorde het nooit tot Bourgondië, Spanje, Oostenrijk of Nederland.
In het Congres van Wenen in 1815 werd Malmedy toegewezen aan het koninkrijk Pruisen, waarbij het bleef tot het Verdrag van Versailles in 1919. Het vormde in die tijd samen met St. Vith het district Malmedy. Daarna kwam het gebied van de huidige gemeente bij België met een kort intermezzo van 1940 tot 1945, toen het werd ingelijfd bij het Duitse rijk.
Van 1603 tot 1658 werd de stad Malmedy voorzien van vestingen. Vanaf de 16de eeuw kwam de tegenwoordig verdwenen leerindustrie op. Vanaf de 18de eeuw was Malmedy een centrum van de papier- en leerindustrie.
