In dit gebied leefden er in de 2de eeuw nog Keltische volksstammen. Daarna behoorde het tot het Karolingische rijk. Walhorn werd in 888 in een oorkonde van Lothar II aan de domkerk van Aken als koningshof vermeld. Vanaf de 12de eeuw tot 1815 was Walhorn een hoge rechtbank (administratieve en juridische eenheid) en behoorde samen met de andere dorpen tot het hertogdom Limburg. De burcht Welkenhuysen in Lontzen werd in 1286 zonder resultaat belegerd door de Gelderse troepen en in 1564 door de Spanjaarden.
Onder de Franse heerschappij in 1795 werd het gebied van de huidige gemeente toegewezen aan het kanton Eupen in het Departement de l’Ourthe en door het Congres van Wenen werd het ingelijfd bij Pruisen in 1815. Na de 1ste wereldoorlog en het Verdrag van Versailles werden de gemeenten Herbesthal, Lontzen en Walhorn in 1920 toegewezen aan België. Enkel tussen 1940 en 1945 werd het gebied ingelijfd bij Duitsland om dan opnieuw bij België terug te keren.
