Toen de Romeinen in 57 v. Chr. het land veroverden, was het bewoond door de Germaanse Condrusi, die zich hiervoor in Keltisch gebied hadden gevestigd.De eerste vermelding van de plaats Eupen en van de Nikolaus-kapel in het hertogdom Limburg was in 1213.
Door de slag van Woeringen kwam het hertogdom Limburg in 1288 onder Jan I van Brabant.
In 1387 werden Brabant en Limburg eigendom van Bourgondië.
Vanaf 1477 viel Eupen samen met Brabant en Limburg onder de Oostenrijkse Habsburgers en in 1555 onder de Spaanse Habsburgers.
In 1674 kreeg Eupen stadsrechten en in 1680 was er de eerste oprichting van een viltmanufactuur.
Na de Vrede van Utrecht kwamen Brabant en Limburg weer onder de Oostenrijkse Habsburgers.
Onder de Franse heerschappij behoorde Eupen vanaf 1794 tot het Département de l’Ourthe.
Door het Congres van Wenen in 1815 werd Eupen ingedeeld bij de Rijnprovincie van het koninkrijk Pruisen.
Het Verdrag van Versailles kende Eupen in 1920 toe aan België.
Van 1940 tot 1945 werd het kanton Eupen samen met het kanton Malmedy geannexeerd door Duitsland en kwam het in 1945 terug bij België.
